深入解析2023-2025年统一深度学习框架在多属性蛋白质预测中的突破性进展，从AMPLIFY的效率革命到DeepGO-SE的神经符号集成，探讨技术创新与应用前景
深入解析线性复杂度模型如何革命性地改变蛋白质分析领域，从Mamba的选择性状态空间到ESMDiff的20-100倍加速，探讨技术突破与实际应用
深入解析2023-2025年八大突破性多模态蛋白质模型，从ProMEP的2-3数量级加速到DeepDriveMD的AI-HPC融合，探讨技术创新与实际应用
深入解析图神经网络在蛋白质设计领域的突破性进展，从RFdiffusion的皮摩尔级结合到临床试验的AI设计药物，探讨2022-2025年间的技术创新与产业应用
深入解析生成模型领域的100个前沿研究问题，涵盖基础理论创新、扩散模型优化、多模态生成、3D重建、安全性与可解释性等关键领域，探索AI创造力的技术边界。
深入解析蛋白质设计领域的100个前沿研究问题，涵盖AI驱动的分子设计、药物靶点发现、免疫治疗、结构生物学等关键领域，探索未来十年可能实现的突破性进展。
深入解析CASTp-Fold蛋白质拓扑分析平台的技术原理、算法实现和应用价值，全面理解这一结合AlphaFold预测结构与深度学习的革命性工具。
深入解析ConSurf蛋白质保守性预测工具的计算原理、技术实现和在药物发现、蛋白质工程中的应用价值，全面理解基于进化分析的功能位点预测方法。
深入解析Context Engineering从概念到实践的全面发展，探讨大模型时代的上下文管理核心技术与最佳实践
全面阐述同源序列比对的生物学意义、技术方法、参数解读以及实际应用，为研究人员提供完整的操作指导